Abstract
La maturation des ARN implique un grand nombre d’évènements post-transcriptionnels, parmi lesquels la polyadénylation qui constitue une étape clé. Chez Arabidopsis, la présence de l’hétérochromatine au niveau des introns de certains gènes peut influencer considérablement la polyadénylation de leur transcrits. INCREASED IN BONSAI METHYLATION2 (IBM2) est une protéinequi contrôle cette catégorie de gènes en reconnaissant l’hétérochromatine au niveau des introns via son domaine BOMO-ADJACENT HOMOLOGY (BAH). IBM2 se lie à l’ARNm par son motif RNA RECOGNOTION (RRM), afin d’assurer la transcription complète de ces gènes cibles en favorisant l’utilisation d’un site distal de polyadénylation. Par conséquent, en mutant IBM2, des plus transcrits courts sont synthétisés suite à une polyadénylation précoce au niveau de la régionhétérochromatique. Durant ma thèse, j’ai cherché à comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents de cette régulation tout en étudiant le rôle du complexe protéique IBM2. Nous avons identifié des protéines partenaires d’IBM2 déjà étudiées telle que ENHANCED DOWNY MILDEW2 (EDM2) et ASI-IMMUNOPRECIPITATED PROTEIN1 (AIPP1), ainsi qu’une nouvelle protéine interagissant physiquement avec IBM2 et d’autres protéines. La mutation du gène correspondant à cette protéine conduit à une réduction de l’expression globale des cibles d’IBM2testées, accompagnée d’un niveau réduit de transcrits longs fonctionnels. Moyennant un crible génétique des suppresseurs de la mutation ibm2, nous avons identifié plusieurs facteurs agissant en amont de la voie IBM2, notamment la protéine FLOWERING TIME CONTROL (FPA). FPA est une protéine capable de s’associer à l’ARN pour favoriser l’utilisation de sites proximaux de polyadénylation de plusieurs gènes cibles, avec parmi eux des gènes contrôlés par IBM2, ce qui suggère que la transcription complète de ces gènes dépend étroitement des actions antagonistes entre IBM2 et FPA. Nos résultats ont montré que le choix du site de polyadénylation de gènes contenant de l’hétérochromatine dépend de plusieurs protéines agissant en différents complexes ainsi que l’interconnexion avec d’autres voies.
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Claims 8
Claim · model-written summary
IBM2 partner proteins include EDM2 and AIPP1.
- Taxon
- Arabidopsis
Arabidopsise1 - Gene
- IBM2e0
- Outcome
- protéines partenaires d’IBM2e0
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“Nous avons identifié des protéines partenaires d’IBM2 déjà étudiées telle que ENHANCED DOWNY MILDEW2 (EDM2) et ASI-IMMUNOPRECIPITATED PROTEIN1 (AIPP1)”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
A new protein physically interacts with IBM2 and other proteins.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Gene
- IBM2e0
- Outcome
- une nouvelle protéine interagissant physiquement avec IBM2 et d’autres protéinese0
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“une nouvelle protéine interagissant physiquement avec IBM2 et d’autres protéines”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
Mutation of the gene for the newly identified protein reduces overall expression of tested IBM2 targets.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Treatment
- La mutation du gène correspondant à cette protéinee0
- Gene
- IBM2e0
- Outcome
- l’expression globale des cibles d’IBM2testéese0
- Direction
- réductione0
Not reportedComparator
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“La mutation du gène correspondant à cette protéine conduit à une réduction de l’expression globale des cibles d’IBM2testées”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
The same mutation reduces functional long transcript abundance.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Treatment
- La mutation du gène correspondant à cette protéinee0
- Outcome
- transcrits longs fonctionnelse0
- Direction
- réduite0
Not reportedComparator
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“La mutation du gène correspondant à cette protéine conduit à une réduction de l’expression globale des cibles d’IBM2testées, accompagnée d’un niveau réduit de transcrits longs fonctionnels”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
A suppressor screen identified several upstream IBM2 pathway factors, including FPA.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Gene
- FLOWERING TIME CONTROL (FPA)e0
- Outcome
- plusieurs facteurs agissant en amont de la voie IBM2e0
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“nous avons identifié plusieurs facteurs agissant en amont de la voie IBM2, notamment la protéine FLOWERING TIME CONTROL (FPA)”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
FPA associates with RNA and favors proximal polyadenylation sites in multiple targets, including IBM2-controlled genes.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Gene
- FPAe0
- Outcome
- l’utilisation de sites proximaux de polyadénylation de plusieurs gènes ciblese0
- Qualifier
- des gènes contrôlés par IBM2e0
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“FPA est une protéine capable de s’associer à l’ARN pour favoriser l’utilisation de sites proximaux de polyadénylation de plusieurs gènes cibles, avec parmi eux des gènes contrôlés par IBM2”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
Full transcription of these genes appears to depend on opposing IBM2 and FPA actions.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Gene
- IBM2 et FPAe0
- Outcome
- la transcription complète de ces gènese0
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“la transcription complète de ces gènes dépend étroitement des actions antagonistes entre IBM2 et FPA”
e1“Chez Arabidopsis”
Claim · model-written summary
Polyadenylation-site choice in heterochromatin-containing genes depends on multiple protein complexes and connections to other pathways.
- Taxon
- ArabidopsisArabidopsise1
- Outcome
- le choix du site de polyadénylation de gènes contenant de l’hétérochromatinee0
- Qualifier
- plusieurs protéines agissant en différents complexes ainsi que l’interconnexion avec d’autres voiese0
Organisms pictured · Representative pictures of the matched species, not figures from the paper.
Verbatim
e0“le choix du site de polyadénylation de gènes contenant de l’hétérochromatine dépend de plusieurs protéines agissant en différents complexes ainsi que l’interconnexion avec d’autres voies”
e1“Chez Arabidopsis”
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